data_N6E
#

_chem_comp.id                                   N6E
_chem_comp.name                                 "N6-Methyladenosine 5'-triphosphate"
_chem_comp.type                                 non-polymer
_chem_comp.pdbx_type                            HETAIN
_chem_comp.formula                              "C11 H18 N5 O13 P3"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id              ?
_chem_comp.pdbx_synonyms                        ?
_chem_comp.pdbx_formal_charge                   0
_chem_comp.pdbx_initial_date                    2019-11-14
_chem_comp.pdbx_modified_date                   2020-09-18
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                  N
_chem_comp.pdbx_release_status                  REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by                     ?
_chem_comp.pdbx_replaces                        ?
_chem_comp.formula_weight                       521.208
_chem_comp.one_letter_code                      ?
_chem_comp.three_letter_code                    N6E
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details       ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details       Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code       6TFE
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list               ?
_chem_comp.pdbx_processing_site                 PDBE
#   #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
N6E  C1   C5    C  0  1  Y  N  N  22.934   -6.577  14.781   5.662  -1.534  -0.454  C1   N6E   1  
N6E  C2   C6    C  0  1  Y  N  N  23.486   -5.394  14.297   6.854  -2.232  -0.195  C2   N6E   2  
N6E  C3   C2    C  0  1  Y  N  N  21.647   -4.241  15.116   7.072  -1.056   1.780  C3   N6E   3  
N6E  C4   C4    C  0  1  Y  N  N  21.679   -6.513  15.438   5.235  -0.578   0.484  C4   N6E   4  
N6E  C5   C8    C  0  1  Y  N  N  22.269   -8.687  15.468   3.814  -0.677  -1.199  C5   N6E   5  
N6E  C6   C1*   C  0  1  N  N  R  20.307   -8.153  16.493   3.247   0.982   0.615  C6   N6E   6  
N6E  C7   C2*   C  0  1  N  N  R  19.443   -8.977  15.708   3.728   2.386   0.187  C7   N6E   7  
N6E  C8   C3*   C  0  1  N  N  S  19.587  -10.348  16.163   2.425   3.204   0.048  C8   N6E   8  
N6E  C9   C4*   C  0  1  N  N  R  19.881  -10.278  17.601   1.310   2.197   0.408  C9   N6E   9  
N6E  C10  C5*   C  0  1  N  N  N  20.562  -11.475  18.114   0.080   2.426  -0.473  C10  N6E  10  
N6E  C11  CAA   C  0  1  N  N  N  25.283   -4.123  13.039   8.571  -3.898  -0.798  C11  N6E  11  
N6E  N1   N1    N  0  1  Y  N  N  22.822   -4.267  14.474   7.516  -1.960   0.924  N1   N6E  12  
N6E  N2   N3    N  0  1  Y  N  N  21.109   -5.356  15.557   5.966  -0.373   1.575  N2   N6E  13  
N6E  N3   N6    N  0  1  N  N  N  24.779   -5.373  13.600   7.327  -3.180  -1.085  N3   N6E  14  
N6E  N4   N7    N  0  1  Y  N  N  23.311   -8.056  14.811   4.750  -1.544  -1.456  N4   N6E  15  
N6E  N5   N9    N  0  1  Y  N  N  21.455   -7.757  15.752   4.069  -0.055  -0.014  N5   N6E  16  
N6E  O1   O2*   O  0  1  N  N  N  18.069   -8.521  15.944   4.571   2.954   1.192  O1   N6E  17  
N6E  O2   O3*   O  0  1  N  N  N  18.348  -11.058  15.907   2.422   4.302   0.963  O2   N6E  18  
N6E  O3   O4*   O  0  1  N  N  N  20.728   -8.990  17.775   1.885   0.899   0.142  O3   N6E  19  
N6E  O4   O5*   O  0  1  N  N  N  19.939  -11.724  19.366  -0.978   1.565  -0.047  O4   N6E  20  
N6E  O5   OAU   O  0  1  N  N  N  20.306  -14.136  20.222  -2.261   1.290  -2.203  O5   N6E  21  
N6E  O6   OAW   O  0  1  N  N  N  20.185  -12.503  21.788  -3.156   2.956  -0.531  O6   N6E  22  
N6E  O7   OAX   O  0  1  N  N  N  22.311  -12.574  20.408  -3.317   0.367  -0.105  O7   N6E  23  
N6E  O8   OAY   O  0  1  N  N  N  22.933  -12.666  22.879  -4.191  -1.595  -1.621  O8   N6E  24  
N6E  O9   OBA   O  0  1  N  N  N  24.595  -13.256  21.424  -5.562   0.491  -1.251  O9   N6E  25  
N6E  O10  OBB   O  0  1  N  N  N  22.602  -14.910  21.677  -5.344  -1.107   0.690  O10  N6E  26  
N6E  O11  OBC   O  0  1  N  N  N  22.350  -16.132  23.986  -7.895  -0.582   1.050  O11  N6E  27  
N6E  O12  OBE   O  0  1  N  N  N  20.524  -16.271  22.540  -7.140  -2.652  -0.181  O12  N6E  28  
N6E  O13  OBF   O  0  1  N  N  N  20.995  -14.293  23.634  -6.776  -2.597   2.316  O13  N6E  29  
N6E  P1   PAV   P  0  1  N  N  N  20.673  -12.741  20.440  -2.425   1.539  -0.753  P1   N6E  30  
N6E  P2   PAZ   P  0  1  N  N  N  23.149  -13.354  21.598  -4.624  -0.441  -0.586  P2   N6E  31  
N6E  P3   PBD   P  0  1  N  N  N  21.637  -15.405  22.928  -6.796  -1.754   0.944  P3   N6E  32  
N6E  H1   H21   H  0  1  N  N  N  21.140   -3.300  15.272   7.642  -0.865   2.677  H1   N6E  33  
N6E  H2   H81   H  0  1  N  N  N  22.171   -9.739  15.690   2.962  -0.479  -1.833  H2   N6E  34  
N6E  H3   H1*1  H  0  1  N  N  N  19.760   -7.263  16.839   3.278   0.884   1.700  H3   N6E  35  
N6E  H4   H2*1  H  0  1  N  N  N  19.692   -8.898  14.639   4.253   2.336  -0.766  H4   N6E  36  
N6E  H5   H3*1  H  0  1  N  N  N  20.419  -10.836  15.635   2.303   3.558  -0.975  H5   N6E  37  
N6E  H6   H4*1  H  0  1  N  N  N  18.939  -10.140  18.152   1.044   2.286   1.462  H6   N6E  38  
N6E  H7   H5*2  H  0  1  N  N  N  20.420  -12.326  17.432  -0.240   3.465  -0.388  H7   N6E  39  
N6E  H8   H5*1  H  0  1  N  N  N  21.638  -11.285  18.245   0.331   2.207  -1.511  H8   N6E  40  
N6E  H9   HAA2  H  0  1  N  N  N  26.257   -4.302  12.560   9.391  -3.184  -0.713  H9   N6E  41  
N6E  H10  HAA1  H  0  1  N  N  N  24.571   -3.743  12.292   8.467  -4.445   0.140  H10  N6E  42  
N6E  H11  HAA3  H  0  1  N  N  N  25.401   -3.382  13.843   8.781  -4.599  -1.606  H11  N6E  43  
N6E  H12  H61   H  0  1  N  N  N  24.710   -6.023  12.843   6.834  -3.370  -1.898  H12  N6E  44  
N6E  H13  H2*2  H  0  1  N  N  N  17.977   -7.624  15.646   4.853   3.859   1.003  H13  N6E  45  
N6E  H14  H3*2  H  0  1  N  N  N  18.431  -11.957  16.201   3.140   4.935   0.820  H14  N6E  46  
N6E  H15  H1    H  0  1  N  N  N  19.783  -13.295  22.124  -3.296   3.185   0.398  H15  N6E  47  
N6E  H16  H2    H  0  1  N  N  N  23.766  -12.362  23.220  -3.575  -2.243  -1.253  H16  N6E  48  
N6E  H17  H3    H  0  1  N  N  N  21.917  -16.962  24.147  -7.733   0.045   1.768  H17  N6E  49  
N6E  H18  H4    H  0  1  N  N  N  20.055  -14.428  23.650  -7.620  -3.016   2.533  H18  N6E  50  
#   #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
N6E  C11  N3   SING  N  N   1  
N6E  N3   C2   SING  N  N   2  
N6E  C2   N1   DOUB  Y  N   3  
N6E  C2   C1   SING  Y  N   4  
N6E  N1   C3   SING  Y  N   5  
N6E  C1   N4   SING  Y  N   6  
N6E  C1   C4   DOUB  Y  N   7  
N6E  N4   C5   DOUB  Y  N   8  
N6E  C3   N2   DOUB  Y  N   9  
N6E  C4   N2   SING  Y  N  10  
N6E  C4   N5   SING  Y  N  11  
N6E  C5   N5   SING  Y  N  12  
N6E  C7   O1   SING  N  N  13  
N6E  C7   C8   SING  N  N  14  
N6E  C7   C6   SING  N  N  15  
N6E  N5   C6   SING  N  N  16  
N6E  O2   C8   SING  N  N  17  
N6E  C8   C9   SING  N  N  18  
N6E  C6   O3   SING  N  N  19  
N6E  C9   O3   SING  N  N  20  
N6E  C9   C10  SING  N  N  21  
N6E  C10  O4   SING  N  N  22  
N6E  O4   P1   SING  N  N  23  
N6E  O5   P1   DOUB  N  N  24  
N6E  O7   P1   SING  N  N  25  
N6E  O7   P2   SING  N  N  26  
N6E  P1   O6   SING  N  N  27  
N6E  O9   P2   DOUB  N  N  28  
N6E  P2   O10  SING  N  N  29  
N6E  P2   O8   SING  N  N  30  
N6E  O10  P3   SING  N  N  31  
N6E  O12  P3   DOUB  N  N  32  
N6E  P3   O13  SING  N  N  33  
N6E  P3   O11  SING  N  N  34  
N6E  C3   H1   SING  N  N  35  
N6E  C5   H2   SING  N  N  36  
N6E  C6   H3   SING  N  N  37  
N6E  C7   H4   SING  N  N  38  
N6E  C8   H5   SING  N  N  39  
N6E  C9   H6   SING  N  N  40  
N6E  C10  H7   SING  N  N  41  
N6E  C10  H8   SING  N  N  42  
N6E  C11  H9   SING  N  N  43  
N6E  C11  H10  SING  N  N  44  
N6E  C11  H11  SING  N  N  45  
N6E  N3   H12  SING  N  N  46  
N6E  O1   H13  SING  N  N  47  
N6E  O2   H14  SING  N  N  48  
N6E  O6   H15  SING  N  N  49  
N6E  O8   H16  SING  N  N  50  
N6E  O11  H17  SING  N  N  51  
N6E  O13  H18  SING  N  N  52  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
N6E  InChI             InChI                 1.03   "InChI=1S/C11H18N5O13P3/c1-12-9-6-10(14-3-13-9)16(4-15-6)11-8(18)7(17)5(27-11)2-26-31(22,23)29-32(24,25)28-30(19,20)21/h3-5,7-8,11,17-18H,2H2,1H3,(H,22,23)(H,24,25)(H,12,13,14)(H2,19,20,21)/t5-,7-,8-,11-/m1/s1"  
N6E  InChIKey          InChI                 1.03   LCQWKKZWHQFOAH-IOSLPCCCSA-N  
N6E  SMILES_CANONICAL  CACTVS                3.385  "CNc1ncnc2n(cnc12)[C@@H]3O[C@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]3O"  
N6E  SMILES            CACTVS                3.385  "CNc1ncnc2n(cnc12)[CH]3O[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)[CH](O)[CH]3O"  
N6E  SMILES_CANONICAL  "OpenEye OEToolkits"  2.0.7  "CNc1c2c(ncn1)n(cn2)[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O"  
N6E  SMILES            "OpenEye OEToolkits"  2.0.7  "CNc1c2c(ncn1)n(cn2)C3C(C(C(O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O"  
#
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id          N6E
_pdbx_chem_comp_identifier.type             "SYSTEMATIC NAME"
_pdbx_chem_comp_identifier.program          "OpenEye OEToolkits"
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version  2.0.7
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier       "[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-(methylamino)purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate"
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
N6E  "Create component"  2019-11-14  PDBE  
N6E  "Initial release"   2020-09-23  RCSB  
##
