data_pdb_00001utg

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1UTG
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1UTG
_pdbx_vrpt_summary.extended_entry_id           pdb_00001utg
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         1989-04-03
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         4
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2017-11-29
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2024-06-16:00:32
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer  UTEROGLOBIN  
2  water    water        
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all   x-ray  
2  1.34  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   22.08  141614     ?     ?  
2  2  1    5.36    1417  1.32  1.36  
3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
4  2  2  100.00    1397  1.32  1.36  
5  1  3    8.81  138945     ?     ?  
6  2  3    0.21    1397  1.32  1.36  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  5  3  A  1  1  A    8.81  
4  6  3  A  1  1  A    0.21  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num    1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id    A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id     A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ      1.89
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ       0.95
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ   556
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ  746
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       9.23
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     11.65
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   568
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 556
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.95
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                746
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    1.89
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  1.34
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.23
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_symm_clashes
  1  1  1  A   1  GLY  A    1  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  2  1  1  A   2  ILE  A    2  .  ?        ?     ?     1     ?  
  3  1  1  A   3  CYS  A    3  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A   4  PRO  A    4  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A   5  ARG  A    5  .  ?        ?     3     1     ?  
  6  1  1  A   6  PHE  A    6  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  7  1  1  A   7  ALA  A    7  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  8  1  1  A   8  HIS  A    8  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  A   9  VAL  A    9  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A  10  ILE  A   10  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A  11  GLU  A   11  .  ?        ?     ?     1     ?  
 12  1  1  A  12  ASN  A   12  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 13  1  1  A  13  LEU  A   13  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A  14  LEU  A   14  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A  15  LEU  A   15  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A  16  GLY  A   16  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A  17  THR  A   17  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 18  1  1  A  18  PRO  A   18  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 19  1  1  A  19  SER  A   19  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 20  1  1  A  20  SER  A   20  .  ?        ?     ?     1     ?  
 21  1  1  A  21  TYR  A   21  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 22  1  1  A  22  GLU  A   22  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 23  1  1  A  23  THR  A   23  .  ?        ?     ?     2     ?  
 24  1  1  A  24  SER  A   24  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  A  25  LEU  A   25  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 26  1  1  A  26  LYS  A   26  .  ?        ?     ?     1     ?  
 27  1  1  A  27  GLU  A   27  .  ?        ?     ?     1     ?  
 28  1  1  A  28  PHE  A   28  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A  29  GLU  A   29  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A  30  PRO  A   30  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 31  1  1  A  31  ASP  A   31  .  ?        ?     1     ?     ?  
 32  1  1  A  32  ASP  A   32  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 33  1  1  A  33  THR  A   33  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 34  1  1  A  34  MET  A   34  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 35  1  1  A  35  LYS  A   35  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 36  1  1  A  36  ASP  A   36  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A  37  ALA  A   37  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 38  1  1  A  38  GLY  A   38  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A  39  MET  A   39  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 40  1  1  A  40  GLN  A   40  .  ?        ?     1     ?     ?  
 41  1  1  A  41  MET  A   41  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 42  1  1  A  42  LYS  A   42  .  ?        ?     1     ?     ?  
 43  1  1  A  43  LYS  A   43  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 44  1  1  A  44  VAL  A   44  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 45  1  1  A  45  LEU  A   45  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 46  1  1  A  46  ASP  A   46  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 47  1  1  A  47  SER  A   47  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 48  1  1  A  48  LEU  A   48  .  ?        ?     ?     1     ?  
 49  1  1  A  49  PRO  A   49  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 50  1  1  A  50  GLN  A   50  .  ?        ?     ?     3     ?  
 51  1  1  A  51  THR  A   51  .  ?        ?     1     ?     ?  
 52  1  1  A  52  THR  A   52  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 53  1  1  A  53  ARG  A   53  .  ?        ?     3     6     ?  
 54  1  1  A  54  GLU  A   54  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 55  1  1  A  55  ASN  A   55  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A  56  ILE  A   56  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 57  1  1  A  57  MET  A   57  .  ?        ?     ?     1     ?  
 58  1  1  A  58  LYS  A   58  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 59  1  1  A  59  LEU  A   59  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 60  1  1  A  60  THR  A   60  .  ?        ?     1     ?     ?  
 61  1  1  A  61  GLU  A   61  .  ?        1     ?     3     ?  
 62  1  1  A  62  LYS  A   62  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 63  1  1  A  63  ILE  A   63  .  ?        ?     1     ?     ?  
 64  1  1  A  64  VAL  A   64  .  ?        ?     1     1     ?  
 65  1  1  A  65  LYS  A   65  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  A  66  SER  A   66  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 67  1  1  A  67  PRO  A   67  .  ?        ?     ?     1     ?  
 68  1  1  A  68  LEU  A   68  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 69  1  1  A  69  CYS  A   69  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 70  1  1  A  70  MET  A   70  .  ?        ?     ?     1     ?  
 71  1  2  B   .  HOH  A   71  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 72  1  2  B   .  HOH  A   72  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 73  1  2  B   .  HOH  A   73  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 74  1  2  B   .  HOH  A   74  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 75  1  2  B   .  HOH  A   75  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 76  1  2  B   .  HOH  A   76  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 77  1  2  B   .  HOH  A   77  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 78  1  2  B   .  HOH  A   78  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 79  1  2  B   .  HOH  A   79  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 80  1  2  B   .  HOH  A   80  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 81  1  2  B   .  HOH  A   81  .  ?        ?     ?     ?     2  
 82  1  2  B   .  HOH  A   82  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 83  1  2  B   .  HOH  A   83  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 84  1  2  B   .  HOH  A   84  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 85  1  2  B   .  HOH  A   85  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 86  1  2  B   .  HOH  A   86  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 87  1  2  B   .  HOH  A   87  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 88  1  2  B   .  HOH  A   88  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 89  1  2  B   .  HOH  A   89  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 90  1  2  B   .  HOH  A   90  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 91  1  2  B   .  HOH  A   91  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 92  1  2  B   .  HOH  A   92  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 93  1  2  B   .  HOH  A   93  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 94  1  2  B   .  HOH  A   94  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 95  1  2  B   .  HOH  A   95  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 96  1  2  B   .  HOH  A   96  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 97  1  2  B   .  HOH  A   97  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 98  1  2  B   .  HOH  A   98  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 99  1  2  B   .  HOH  A   99  .  ?        ?     ?     ?     ?  
100  1  2  B   .  HOH  A  100  .  ?        ?     ?     ?     ?  
101  1  2  B   .  HOH  A  101  .  ?        ?     ?     ?     ?  
102  1  2  B   .  HOH  A  102  .  ?        ?     ?     ?     ?  
103  1  2  B   .  HOH  A  103  .  ?        ?     ?     ?     ?  
104  1  2  B   .  HOH  A  104  .  ?        ?     ?     ?     ?  
105  1  2  B   .  HOH  A  105  .  ?        ?     ?     ?     ?  
106  1  2  B   .  HOH  A  106  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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 8   27  HG2    2  0.50  1.93  
 9   48  HB2    6  0.55  1.89  
10   50  HA     7  0.87  1.38  
11   50  HA     8  0.72  2.05  
12   50  CA     9  0.43  2.22  
13   53  HH12   7  0.87  1.38  
14   53  HH12   9  0.43  2.22  
15   53  NH1    8  0.72  2.05  
16   53  HD3    6  0.55  1.89  
17   53  HB2   10  0.41  1.85  
18   53  HH11  10  0.41  1.85  
19   57  O     11  0.52  2.10  
20   61  HG2   11  0.52  2.10  
21   61  HG2   12  0.43  1.59  
22   61  H     12  0.43  1.59  
23   64  HG11   1  0.40  2.03  
24   67  HA    13  0.49  1.94  
25   70  HG3   13  0.49  1.94  
26  145  O      3  0.58  2.03  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.label_atom_id
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.scid
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.symop
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.clashmag
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.dist
1  81  O  0  1_555  0.61  1.59  
2  81  O  0  4_567  0.61  1.59  
#
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.ordinal      1
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.instance_id  61
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.atom_1       CD
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.atom_2       OE2
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.obs          1.326
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.mean         1.252
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.stdev        0.011
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.Z            6.71
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.obs
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.Z
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.link
 1   5  CD  NE  CZ   140.453  123.600  1.400   12.04  ?     
 2   5  NE  CZ  NH1  126.694  120.300  0.500   12.79  ?     
 3   5  NE  CZ  NH2  114.249  120.300  0.500  -12.10  ?     
 4  31  CB  CG  OD1  113.245  118.300  0.900   -5.62  ?     
 5  40  N   CA  CB   121.643  110.600  1.800    6.13  ?     
 6  42  CA  CB  CG   124.986  113.400  2.200    5.27  ?     
 7  51  CA  CB  CG2  119.545  112.400  1.400    5.10  ?     
 8  53  CB  CG  CD   129.736  111.600  2.600    6.97  ?     
 9  53  CD  NE  CZ   133.538  123.600  1.400    7.10  ?     
10  53  CG  CD  NE   124.081  111.800  2.100    5.85  ?     
11  60  O   C   N    131.380  122.700  1.600    5.42  Y     
12  63  O   C   N    131.026  122.700  1.600    5.20  Y     
13  64  CA  CB  CG2  118.497  110.900  1.500    5.07  ?     
#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
